ในการพัฒนาโปรแกรมควบคุมชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX ใช้โปรแกรมภาษา C เป็นหลัก ดังนั้นก่อนการใช้งานจึงต้องติดตั้งซอฟต์แวร์อันเป็นเครื่องมือในการพัฒนาโปรแกรมบนคอมพิวเตอร์ 4 รายการหลักๆ ดังนี้
1. AVR Studio เป็นซอฟต์แวร์สำหรับสร้างโปรแกรมควบคุม โดยภายใน AVR Studio ได้บรรจุเครื่องมือที่ช่วยอำนวยความสะดวกต่อการพัฒนาโปรแกรมภาษา C ทั้งยังสามารถเชื่อมโยงการทำงานในส่วนต่างๆ กับคอมไพเลอร์ที่กำหนดได้ด้วย โดยคอมไพเลอร์ที่นำมาใช้ร่วมกันคือ WinAVR, สามารถติดต่อกับไฟล์ไลบรารี ipst.h ซึ่งบรรจุฟังก์ชั่นของโปรแกรมภาษา C สำหรับติดต่อกับอุปกรณ์ต่างๆ ทั้งยังสามารถติดต่อกับซอฟต์แวร์สำหรับโปรแกรมข้อมูลลงในไมโครคอนโทรลเลอร์หลักของแผงวงจรควบคุมในชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX ได้ด้วย ดังนั้นซอฟต์แวร์ AVR Studio จึงเหมาะอย่างยิ่งในการนำใช้พัฒนาโปรแกรมเพื่อสนับการทำงานของชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX โดย AVR Studio พัฒนาและเผยแพร่โดยไม่คิดมูลค่าโดย Atmel ซึ่งเป็นผู้ผลิตไมโครคอนโทรลเลอร์ ATMEGA16 ที่ใช้เป็นไมโครคอนโทรลเลอร์หลักของชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX สามารถดาวน์โหลดเวอร์ชั่นที่อาจมีการอัพเดตที่ www.atmel.com
2. WinAVR เป็นซอฟต์แวร์ C คอมไพเลอร์หรือตัวแปลโปรแกรมภาษา C สำหรับไมโครคอนโทรลเลอร์ AVR โดย WinAVR เป็นซอฟต์แวร์แบบโอเพ่นซอร์ส (open source) พัฒนาต่อจาก GNU GCC คอมไพเลอร์ สามารถดูข้อมูลเพิ่มเติมรวมทั้งดาวน์โหลดซอฟต์แวร์ใหม่ๆ (ที่อาจมี) จาก http://sourceforge.net/projects/winavr/ โดยในชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX จะอ้างอิงการเขียนโปรแกรมภาษา C กับ WinAVR ในเวอร์ชัน 20050214 เมื่อทำการติดตั้ง WinAVR แล้วจะสามารถเชื่อมโยงการทำงานเข้ากับ AVR Studio ได้ ดังนั้นจึงสามารถทำการเขียนโปรแกรมภาษา C บน AVR
Studio แล้วทำการคอมไพล์โปรแกรมด้วย WinAVR ได้อย่างต่อเนื่อง โดยผลลัพธ์ของการคอมไพล์จะได้เป็นไฟล์นามสกุล .hex อันเป็นไฟล์รหัสภาษาเครื่องหรือที่เรียกว่า”แมชีนโค้ด” โดยเป็นไฟล์ผลลัพธ์ที่ได้จากการพัฒนาสามารถนำไปดาวน์โหลดลงสู่ไมโครคอนโทรลเลอร์ต่อไปได้ทันที
3. ไฟล์ไลบรารี ipst.h เป็นไฟล์สนับสนุนชุดคำสั่งหรือฟังก์ชั่นต่างๆ เพื่ออำนวยความสะดวกในการสร้างโปรแกรมควบคุมการทำงานของแผงวงจร MicroBOX อันเป็นแผงวงจรควบคุมหลักของชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX อาทิ คำสั่งควบคุมอินพุต/เอาต์พุตทั้งแบบสัญญาณดิจิตอลและอะนาลอก, คำสั่งติดต่อกลุ่มอุปกรณ์ตรวจจับหรือเซนเซอร์แบบต่างๆ, คำสั่งส่งข้อมูลไปยังหน่วยแสดงผลแบบต่างๆ ทั้ง LED ธรรมดา, LED ตัวเลข 7 ส่วนและโมดูล LCD เป็นต้น
4. ซอฟต์แวร์สำหรับดาวน์โหลดโปรแกรม หลังจากที่ทำการคอมไฟล์โปรแกรมภาษา C แล้ว ไฟล์ผลลัพธ์ที่ได้จะเป็นไฟล์นามสกุล .hex ซึ่งจะต้องนำไปโปรแกรมหรือเขียนลงในหน่วยความจำโปรแกรมของไมโครคอนโทรลเลอร์ ATMEGA16 สำหรับในชุดกล่องสมองกล IPST-MicroBOX สามารถใช้ได้ 2 ตัวคือ
4.1 PonyProg2000 เป็นผลงานของ Claudio Lanconelli นักพัฒนาโปรแกรมชาวอิตาลี ใช้กับชุดดาวน์โหลดโปรแกรมผ่านพอร์ตขนาน จะต้องทำการติดตั้งเพิ่มเติม สามารถดาวน์โหลดเวอร์ชั่นใหม่ที่อาจมีที่ http://www.lancos.com
4.2 AVRProg เป็นผลงานของ Atmel ใช้กับชุดดาวน์โหลดโปรแกรมผ่านพอร์ตอนุกรม โดย AVRProg ได้รับการติดตั้งไปพร้อมกับการติดตั้งซอฟต์แวร์ AVR Studio